Největší letecká společnost v zemi - Japan Airlines (JL), má sídlo v Tokiu. Létá non-stop do až 60 tuzemských destinací a do více než 30 mezinárodních destinací v Asii, Evropě, Oceánii, Severní Americe a Jižní Americe. JL je součástí aliance Oneworld a má také dohody o spolupráci s asi 30 dalšími leteckými společnostmi. Letecká společnost má čtyři třídy služeb: First Class, Executive Class (Business Class), Premium Economy Class, Class J (Economy Class s většími sedadly) a Economy Class. Její letadlový park nabízí řadu dvoukabinových, tříkabinových a čtyřkabinových možností. Primární uzly Japan Airlines se nachází na Haneda Airport (HND) v Tokiu a na Narita International Airport (NRT).